wiki:MolgenisServers

MOLGENIS cloud infrastructure

Introduction

We work with a Virtual Machine cloud. See MolgenisServersFaq.

List of servers

  • Most Virtual Machines are located in the gcc.rug.nl domain. For some there are more beautiful DNS entries...
  • Apache runs on port 80 and 443
  • Molgenis runs on port 8080 (either via Tomcat or standalone)
  • SSH acces via port 22 only from within certain UMCG/RUG subnets
  • MySQL access only on localhost
  • Servers are automatically updated daily at 4am
  • Test/Acceptance/Production servers are automatically rebooted weekly on Monday 05:00/11:00/16:00
Server DNS Alias App Contact DTAP
molgenis01 https://molgenis01.gcc.rug.nl/
https://molgenis01.target.rug.nl/ (deprecated)
Molgenis Integration server Dennis production
molgenis02 https://molgenis02.gcc.rug.nl
https://molgenis02.target.rug.nl (deprecated)
BBMRI Directory - Negotiator Demo Mark / Fleur acceptance
molgenis03 http://www.deb-central.org/
https://molgenis03.gcc.rug.nl/
https://molgenis03.target.rug.nl/ (deprecated)
COL7A1 Bart / Joeri production
molgenis04 http://www.molgenis.org/decon2
https://molgenis04.gcc.rug.nl/
https://molgenis04.target.rug.nl/ (deprecated)
Decon2 Fleur production
molgenis05 https://www.molgenis.org/vkgl
https://molgenis05.gcc.rug.nl/
https://molgenis05.target.rug.nl/ (deprecated)
VKGL Demo Bart / Dennis production
molgenis06 https://molgenis06.gcc.rug.nl/
https://molgenis06.target.rug.nl/ (deprecated)
GAF list importer Roan / Gerben acceptance
molgenis07 https://molgenis07.gcc.rug.nl/
https://molgenis07.target.rug.nl/ (deprecated)
ARVC Vd Zwaag Bart acceptance
molgenis08 https://molgenis08.gcc.rug.nl/
https://molgenis08.target.rug.nl/ (deprecated)
Chromosome6 RC6-tool Mark / Mariska production
molgenis09 http://molgenis.org/demo
https://molgenis09.gcc.rug.nl/
https://molgenis09.target.rug.nl/ (deprecated)
Molgenis Demo server Mark Production
Server DNS Alias App Contact DTAP
molgenis10 https://molgenis10.gcc.rug.nl/
https://molgenis10.target.rug.nl/ (deprecated)
RD-Connect Sample Catalogue David / Mark / Marieke Production
molgenis11 http://www.systemsgenetics.nl
http://molgenis11.gcc.rug.nl/
http://molgenis11.target.rug.nl (deprecated)
WordPress Pieter production
molgenis12 https://molgenis12.gcc.rug.nl/
http://molgenis12.target.rug.nl/ (deprecated)
lncRNA Explorer Eric demo
molgenis13 https://molgenis13.gcc.rug.nl/
https://molgenis13.target.rug.nl/ (deprecated)
Kaisa & Niina Chao, Dennis acceptance
molgenis14 https://catalogue.bbmri.nl
https://molgenis14.gcc.rug.nl/
BBMRI Catalogue David production
molgenis15 http://www.nlgenome.nl/search/ GoNL DB Joeri production
molgenis15 http://molgenis15.gcc.rug.nl/
http://molgenis15.target.rug.nl/ (deprecated)
GoNL data releases Pieter production
molgenis16 http://molgenis16.gcc.rug.nl/
https://molgenis16.gcc.rug.nl/
http://molgenis16.target.rug.nl/ (deprecated)
https://molgenis16.target.rug.nl/ (deprecated)
Palga Acceptance David Acceptance
molgenis17 http://www.molgenis.org/connect
https://molgenis17.gcc.rug.nl/
https://molgenis17.target.rug.nl/
molgenis-connect server Chao Production
molgenis18 https://catalogue.lifelines.nl/
https://molgenis18.gcc.rug.nl/
https://molgenis18.target.rug.nl/ (deprecated)
LifeLines Dennis production
molgenis19 http://www.molgenis.org/sorta
https://molgenis19.gcc.rug.nl/
https://molgenis19.target.rug.nl/ (deprecated)
SORTA Chao Production
Server DNS Alias App Contact DTAP
molgenis20 http://molgenis20.gcc.rug.nl/
http://molgenis20.target.rug.nl (deprecated)
GAVIN Joeri Fleur Bart production
molgenis21 https://molgenis21.gcc.rug.nl/
https://molgenis21.target.rug.nl/ (deprecated)
RD-Connect Sample Catalogue David & Dennis Acceptance
molgenis22 http://www.molgenis.org/humanpathwaydb/
http://molgenis22.gcc.rug.nl:8080/humanpathwaydb/
http://molgenis22.target.rug.nl:8080/humanpathwaydb/ (deprecated)
Human Pathway DBs Miranda production
molgenis23 http://molgenis23.gcc.rug.nl/ SORTA RD/connect Chao / David production
molgenis24 http://molgenis24.gcc.rug.nl/
http://molgenis24.target.rug.nl/ (deprecated)
BiobankConnect Chao production
molgenis25 www.mvid-central.org
http://molgenis25.gcc.rug.nl/
http://molgenis25.target.rug.nl/ (deprecated)
MVID Joeri / Pieter production
molgenis26 https://molgenis26.gcc.rug.nl/downloads/
https://molgenis26.target.rug.nl/downloads/ (deprecated)
Static data release downloads Morris / Joeri production
molgenis27 http://molgenis27.gcc.rug.nl/
http://molgenis27.target.rug.nl/
Gene Network Juha & Patrick Production
molgenis28 www.voedingsdagboek.nl
http://molgenis28.target.rug.nl/celiacresearch/
Voedingsdagboek et al. / Celiac Research Martijn production
molgenis29 www.c2cards.nl
www.molgenis.org/c2cards/
http://molgenis29.target.rug.nl/c2cards/
C2Cards Human Miranda production
Server DNS Alias App Contact DTAP
molgenis30 http://molgenis30.gcc.rug.nl/
http://molgenis30.target.rug.nl/ (deprecated)
500FG Edith / Fleur acceptance
molgenis31 https://molgenis31.gcc.rug.nl/
https://molgenis31.target.rug.nl/ (deprecated)
Selenium test Mark test
molgenis32 https://uribd.bbmri.nl/
http://molgenis32.gcc.rug.nl/
http://molgenis32.target.rug.nl/ (deprecated)
IBD Fleur production
molgenis33 http://molgenis33.gcc.rug.nl/
http://molgenis33.target.rug.nl/ (deprecated)
CHD7 Production (legacy version) Joeri / Bart Acceptance
molgenis34 http://molgenis34.gcc.rug.nl:8443/opal/
http://molgenis34.target.rug.nl:8443/opal/ (deprecated)
Opal Chao production
molgenis35 https://directory-molgenis.bbmri-eric.eu
https://molgenis35.gcc.rug.nl/
https://molgenis35.target.rug.nl/ (deprecated)
BBMRI-ERIC production Tommy production
molgenis36 https://molgenis36.gcc.rug.nl/
https://molgenis36.target.rug.nl/ (deprecated)
LifeLines acceptance Dennis acceptance
molgenis37 http://molgenis37.gcc.rug.nl:8080/xqtl_panacea/
http://molgenis37.target.rug.nl:8080/xqtl_panacea/ (deprecated)
WormQTL-HD Joeri production
molgenis38 http://molgenis38.gcc.rug.nl:8080/xqtl_panacea/
http://molgenis38.target.rug.nl:8080/xqtl_panacea/ (deprecated)
WormQTL beta/mirror Joeri test
molgenis39 https://molgenis39.gcc.rug.nl/
https://molgenis39.target.rug.nl/ (deprecated)
RNA seq analysis Freerk / Niek / Mark / Fleur test
Server DNS Alias App Contact DTAP
molgenis40 https://molgenis40.gcc.rug.nl/
https://molgenis40.target.rug.nl/ (deprecated)
INFEVER database Joeri acceptance
molgenis41 https://molgenis41.gcc.rug.nl/
https://molgenis41.target.rug.nl/ (deprecated)
ARVC/D Bart production
molgenis42 http://molgenis42.gcc.rug.nl/col7a1
http://molgenis42.target.rug.nl/col7a1 (deprecated)
COL7A1 Bart / Joeri old production (used for reference), future acceptance
molgenis43 http://molgenis43.gcc.rug.nl/ Gavin Bart / Fleur / Joeri acceptation
molgenis44 http://molgenis44.gcc.rug.nl/
http://molgenis44.target.rug.nl/ (deprecated)
TIFN production Dennis production
molgenis45 https://molgenis45.gcc.rug.nl/
https://molgenis45.target.rug.nl/ (deprecated)
GIDS Dennis production
molgenis46 https://hfgp.bbmri.nl/
http://molgenis46.gcc.rug.nl/
http://molgenis46.target.rug.nl/ (deprecated)
Public HFGP server Mark / Edith Production
molgenis47 http://molgenis47.gcc.rug.nl/
http://molgenis47.target.rug.nl/ (deprecated)
Genetics catalogue Marieke Production
molgenis48 http://molgenis48.gcc.rug.nl/
http://molgenis48.target.rug.nl/ (deprecated)
Diagnostic Platform for Clinical Genomics Joeri Acceptance
molgenis49 https://molgenis49.gcc.rug.nl/
https://molgenis49.target.rug.nl/ (deprecated)
test BBMRI-NL catalogue promise integration Dennis acceptance
Server DNS Alias App Contact DTAP
molgenis50 http://www.molgenis.org/jenkins/
http://molgenis50.gcc.rug.nl/jenkins/
http://molgenis50.target.rug.nl/jenkins/ (deprecated)
Jenkins Continuous Integration Server Dennis production
molgenis51 http://www.chd7.org/
https://molgenis51.gcc.rug.nl/
https://molgenis51.target.rug.nl/ (deprecated)
CHD7 Bart Production
molgenis52 https://molgenis52.gcc.rug.nl/
https://molgenis52.target.rug.nl (deprecated)
TMF / Deutsches Biobanken-Register Marieke, Mariska, David Acceptance
molgenis53 https://aip.fipapatients.org/
https://molgenis53.gcc.rug.nl/
https://molgenis53.target.rug.nl/ (deprecated)
AIP Mutation server Bart Production
molgenis54 https://molgenis54.gcc.rug.nl
https://molgenis54.target.rug.nl (deprecated)
GENIUS database Freerk / Joeri Test
molgenis55 http://molgenis55.gcc.rug.nl/
http://molgenis55.target.rug.nl/ (deprecated)
pathologie Marieke Production
molgenis56 http://molgenis.org/ase
https://molgenis56.gcc.rug.nl/
https://molgenis56.target.rug.nl/ (deprecated)
ASE Mark Production
molgenis57 http://molgenis57.gcc.rug.nl/
http://molgenis57.target.rug.nl/ (deprecated)
5GPM Bart & Joeri Acceptance
molgenis58 http://molgenis58.gcc.rug.nl/
http://molgenis58.target.rug.nl/ (deprecated)
Gene Network Juha Karjalainen production
molgenis59 https://molgenis59.gcc.rug.nl/
https://molgenis59.target.rug.nl/ (deprecated)
BBMRI-NL catalogue acceptance Tommy Acceptance
Server DNS Alias App Contact DTAP
molgenis60 http://niptric.eu/
http://nipper-calculator.eu/ (deprecated)
http://ppvfornipt.eu/ (deprecated)
https://molgenis60.gcc.rug.nl/
https://molgenis60.target.rug.nl/ (deprecated)
NIPD Fleur production
molgenis61 https://molgenis61.gcc.rug.nl/
https://molgenis61.target.rug.nl/ (deprecated)
- - -
molgenis62 http://molgenis62.gcc.rug.nl/
http://molgenis62.target.rug.nl/ (deprecated)
Various:
1. Restore Backup's
2. Use as test server for release
Apps Team test
molgenis63 http://molgenis63.gcc.rug.nl/
http://molgenis63.target.rug.nl/ (deprecated)
Diagnostics platform demo server Bart Demo
molgenis64 https://molgenis64.gcc.rug.nl/
https://molgenis64.target.rug.nl/ (deprecated)
5GPM Bart & Joeri Production
molgenis65 https://molgenis65.gcc.rug.nl/
https://molgenis65.target.rug.nl/ (deprecated)
IBD new OMX Dennis / Floris Acceptance
molgenis66 http://molgenis66.gcc.rug.nl:8080/xqtl_panacea/
http://molgenis66.target.rug.nl:8080/xqtl_panacea/ (deprecated)
WormQTL Joeri Production
molgenis67 http://molgenis67.gcc.rug.nl:8080/xqtl/
http://molgenis67.target.rug.nl:8080/xqtl/ (deprecated)
xQTL Joeri Production
molgenis68 http://www.palgaopenbaredatabank.nl/
https://molgenis68.gcc.rug.nl/
https://molgenis68.target.rug.nl/ (deprecated)
PALGA David / Dennis production
molgenis69 https://molgenis69.gcc.rug.nl/
https://molgenis69.target.rug.nl/ (deprecated)
Chromosome6 Edith / Mark Production
Server DNS Alias App Contact DTAP
molgenis70 http://wwww.molgenis.org/goad
https://molgenis70.gcc.rug.nl/
Glia Open Access Database (GOAD) Dennis acceptance
molgenis71 https://molgenis71.gcc.rug.nl/
BiobankConnect Chao
molgenis72 https://molgenis72.gcc.rug.nl/
BiobankConnect Chao
molgenis73 https://molgenis73.gcc.rug.nl/
Pulmonary department Marieke/ Edith Acceptance
molgenis74 https://molgenis74.gcc.rug.nl/
NKI Mariska Test
molgenis75 https://molgenis75.gcc.rug.nl/
HUB Mariska Test
molgenis76 https://cnvcatalogue.bbmri.nl/
https://molgenis76.gcc.rug.nl/
CNV catalogue Marieke/ Edith/ Patrick Production
molgenis77 https://molgenis77.gcc.rug.nl/
E-rare Mariska Production
molgenis78 https://molgenis78.gcc.rug.nl/
BBMRI WP2 Mariska Test
molgenis79 https://molgenis79.gcc.rug.nl/
Reserved for IBD Marieke Acceptance
molgenis80 https://molgenis80.gcc.rug.nl/
- Marieke -
molgenis81 https://molgenis81.gcc.rug.nl/
- Marieke -
molgenis82 https://molgenis82.gcc.rug.nl/
- Marieke -
Server DNS Alias App Contact DTAP
195.169.22.225 http://molgenis100.gcc.rug.nl/ app contact T|A|P
195.169.22.226 http://molgenis101.gcc.rug.nl/ BiobankConnect Chao test
195.169.22.227 http://molgenis102.gcc.rug.nl/ Autobetes Martijn Production
195.169.22.228 http://molgenis103.gcc.rug.nl/ chromstaR Fleur / Aaron test
195.169.22.229 http://molgenis104.gcc.rug.nl/ NGS_DNA_Bootstrapping Analysis Team Test
195.169.22.230 http://molgenis105.gcc.rug.nl/ VKGL molgenis test U Bram / Pieter test
195.169.22.231 http://molgenis106.gcc.rug.nl/ NGS_Image Freerk / George Test
195.169.22.232 http://molgenis107.gcc.rug.nl/ M3R Chao Test
195.169.22.233 http://molgenis108.gcc.rug.nl/ Selenium test server Fleur Test
195.169.22.234 http://molgenis109.gcc.rug.nl/ BBMRI-ERIC 3.0 acceptance server David / Marieke Acceptatie
195.169.22.235 http://molgenis110.gcc.rug.nl/ VKGL molgenis test G Bram / Pieter test
195.169.22.236 http://molgenis111.gcc.rug.nl/ Diagnostics Portal (MOLGENIS+GeneNetwork) Joeri & Bart Test
195.169.22.237 http://molgenis112.gcc.rug.nl/ app contact D|T|A|P
195.169.22.238 http://molgenis113.gcc.rug.nl/ Autobetes Martijn Test
Server DNS Alias App Contact DTAP
129.125.60.107 http://es-portal.service.rug.nl Energysense Mark / Edith Production
129.125.60.43 http://es-test-portal.service.rug.nl Energysense Mark / Edith Acceptance
85.90.73.204 https://proof-acc.bbmri.nl/
https://tma-acc.bbmri.nl/
PROOF / TMA Edith Acceptance
129.125.60.104 lobby.hpc.rug.nl proxy Pieter Production
129.125.60.106 foyer.hpc.rug.nl proxy Pieter Production
195.169.22.250 leela.gcc.rug.nl HPC UI Pieter Testing
195.169.22.6 spacewalk01.gcc.rug.nl repos Pieter Production
172.23.40.236 umcg-scheduler03 HPC scheduler Pieter Acceptance
172.23.40.232 umcg-scheduler02 HPC scheduler Pieter Production
129.125.60.76 cc-ds.hpc.rug.nl HPC UI Pieter Acceptance
195.169.22.7 spacewalk02.gcc.rug.nl repos Pieter Production
Last modified 9 days ago Last modified on 2017-03-15T12:42:28+01:00